Nel 2003 l'aeroporto di Pisa sfiorò i due milioni di passeggeri, con una crescita del 19,8% sull'anno precedente, che a sua volta era stato un anno record. In un periodo difficile per tutto il trasporto aereo, il Galilei cresceva molto più della media italiana: +10,5% nel 2001, quando gli altri scali perdevano il 2,4%, e +20% nel 2002, contro una media dell'1,7%.
Il merito, scriveva allora l'ingegner Pier Giorgio Ballini, amministratore delegato della società di gestione SAT, era quasi tutto dei voli low cost. Il dibattito di quegli anni riguardava gli accordi tra aeroporti e compagnie a basso costo, dopo che la Commissione europea aveva messo sotto esame il caso di Charleroi, lo scalo di Bruxelles Sud.
Ryanair aveva fatto di Pisa la sua terza base italiana, dopo Roma Ciampino e Bergamo. Nel 2008 la compagnia contava 27 rotte dal Galilei, di cui 4 interne, e puntava a 1,8 milioni di passeggeri l'anno: già allora circa metà del traffico dello scalo. Nell'ottobre 2007 erano partite nuove rotte, e il 2008 si chiuse con quasi 4 milioni di passeggeri.
Vent'anni dopo, nell'estate 2026, Ryanair opera da Pisa 58 rotte con 9 aerei basati, e lo scalo ha superato i 6 milioni di passeggeri.