Per tutti gli anni Novanta il Galilei è rimasto stabile intorno al milione di passeggeri l'anno. La svolta arriva all'inizio del nuovo secolo con le compagnie low cost, Ryanair in testa: in sei anni il traffico triplica, e nel 2025 lo scalo supera per la prima volta i 6 milioni.
| Anno | Passeggeri |
|---|---|
| 1990 | 1.065.156 |
| 1995 | 1.016.052 |
| 2000 | 1.246.807 |
| 2001 | 1.378.322 |
| 2002 | 1.654.570 |
| 2003 | 1.982.897 |
| 2004 | 2.031.890 |
| 2005 | 2.334.843 |
| 2006 | 3.014.656 |
| 2008 | quasi 4 milioni (+6,4%) |
| 2025 | oltre 6 milioni (+7,8%) |
Dati pubblicati negli anni su questo sito dal gestore dell'epoca, SAT, e per il 2025 da Toscana Aeroporti.
Nel 2008, mentre la media degli aeroporti italiani perdeva l'1,7%, Pisa cresceva del 6,4%. Il primo trimestre 2009 segnò invece un calo del 13,4%, recuperato dalla primavera con undici nuove rotte estive. Negli anni successivi la crescita è ripresa quasi senza interruzioni, salvo il crollo del 2020 per la pandemia.
Oggi tre passeggeri su quattro volano da o per l'estero, e la maggior parte del traffico è legata a Ryanair, che a Pisa ha una delle sue basi storiche in Italia.