L'aeroporto Galileo Galilei è stato tra i primi diciotto scali italiani a ricevere il Certificato di Aeroporto rilasciato dall'ENAC, l'Ente nazionale per l'aviazione civile. Il certificato attesta che infrastrutture, procedure e organizzazione rispettano gli standard internazionali dell'ICAO, l'agenzia delle Nazioni Unite per l'aviazione civile.
Il regolamento era stato introdotto in Italia dall'ENAC nell'ottobre 2003. La consegna alla SAT, la Società Aeroporto Toscano che allora gestiva lo scalo, avvenne in una cerimonia con il presidente dell'ENAC Vito Riggio e il direttore generale Silvano Manera, alla presenza delle autorità locali e regionali.
Nel 2015 la SAT si è fusa con la società dell'aeroporto di Firenze, dando vita a Toscana Aeroporti S.p.A., che oggi gestisce entrambi gli scali toscani.